核反应当然不属于化学反应，因为化学反应只涉及到原子核外电子的变化，核反应是在原子核内的，所以核反应不是化学反应。
你提到：“核反应都有核反应方程式，并且一般总会产生新的物质分子，这让它看起来更象是一种特殊的化学反应。”这个说法也是不对的，不能应有有方程等式就认定是核反应是化学反应，我们在中小学数学里学过很多方程等式，比如1+9=2+8，但我们不能说1+9=2+8也是化学反应吧。因此，看问题还是要看到实质的东西，而不能只看表面。
核反应不是化学反应，不表示化学家不能研究核反应，事实上发射性一开始就是化学家发现的，居里夫人发现的放射性元素后得到的也是诺贝尔化学奖——所以，不用太纠结核反应的分类，我们只需要知道这个事情的本质就可以了。毕竟科学的东西重要的还是实质，我们不能像学究一样去抠一个字眼的深意——这就好像鲁迅小说里讽刺的那个读书人孔乙己那样，一定要说出茴香豆的“茴”字有9种不同的写法，其实意义也不大。
核反应可以看成是物理反应，因为其实物理学是比化学要更基础的学科，大家总觉得物理与化学是平行的，其实这个感觉是错觉。物理学与数学是差不多平行的，物理学是化学的基础，而化学是生物学的基础，学科之间的关系应该是这样的。你提到：“哪么，核反应到底应该怎么分类，物理反应？化学反应？或者干脆让它自成一类？”我觉得核反应确实可以自成一类，但这其实不影响我们对这个学问的研究，纠结于这个问题其实不是特别重要，学问是活的，分类都是人为的。
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