他是明思宗崇祯皇帝的第五个儿子，生于崇祯六年，却被人称为朱三太子

朱慈焕是明思宗崇祯皇帝的第五个儿子，生于崇祯六年，也就是公元1633年，生母是贵妃田氏。崇祯皇帝一生一共有七个儿子，次子和七子早夭，成功活到成年的有长子朱慈烺、三子朱慈炯、四子朱慈炤、五子朱慈焕。朱慈焕明明是第五个儿子，却被人称为朱三太子，是因为朱慈焕与四子朱慈炤同岁，因而人们习惯把他称作“朱三太子”。

朱慈焕长大成人之后，被崇祯皇帝封为永王。若是没有意外，他大概会平安富庶的度过自己的一生，可惜的是命运总是爱作弄人，崇祯十七年，李自成攻破北京，崇祯在眉山自缢，大明帝国崩溃。作为一个亡国皇朝的后代，朱慈焕不可避免的过上了颠沛流离的生活。

北京城破的时候，朱慈焕只有十二岁，在一片混乱中，他仓皇的跟随自己的两个哥哥奔逃，后来在大顺军中与两个哥哥失散之后，与一位姓毛的将领逃到了河南，种了一年地。随后因为清朝清缴流贼，实际上就是绞杀明朝旧人，毛姓将军独自逃走，十三岁的朱慈焕于是只能自己一个人四处流浪。

朱慈焕后来来到了奉养，被一位姓王的前明老给事中收养，改姓“王”名士元，就这样一直在王家待到了他十九岁。朱慈焕十九岁这一年，王家突遭变故，朱慈焕再次开始了自己的流浪生活。

朱慈焕离开王家后，还做了一段时间的和尚，后来在浙江结识了一位姓胡的明官员后裔。两人一番交谈下来，胡某钦佩他的才学，劝他还俗，并将女儿嫁给她。于是朱慈焕娶了胡某的女儿，开始以王士元的名字在余姚教书为生。

康熙四十四年的时候，朝廷再一次严厉打击明朝余孽，宁波、镇海都“一步一步挨查”，闻得事发，妻女六人，均上吊自尽，三子一孙，被捕收，朱慈焕躲避流亡。到了四十七年的时候，官府将在康熙四十五年起事的浙江和尚张念一逮捕。此后从张念一的口中得知了朱慈焕的下落，同年拘捕了朱慈焕。